Ученые установили, что Маргилан появился в II-I веках до н.э. Через него проходила дорога Великого Шелкового. В X - XII веках считался торговым центром страны, а к XVI веку стал крупнейшим городом региона. О былом величии и процветании свидетельствуют развалины цитадели Урдатаг, древних мечетей и жилых домов, которые сохранились до наших дней.